אגף הרוקחות במשרד הבריאות הנו הגוף האחראי על רישום תרופות, ייבוא תרופות, בקרה רוקחית, מתן מידע תרופתי, אישור ופיקוח על ניסויים קליניים בבני אדם, מחקר והשפעת תרופות על בני אדם, אישור צמחי מרפא, מוצרים הומאופתיים ותמרוקים. תרופות אשר נמצאות בשימוש בישראל, חייבות להיות רשומות בפנקס התרופות. תרופה תירשם רק לאחר שהוכחה בטיחותה, יעילותה ואיכותה.