רישום התרופות מתבצע במחלקת רישום תכשירים רפואיים באגף הרוקחות של משרד הבריאות. על פי תקנות הרוקחים התשמ"ו, תרופה תירשם בפנקס התרופות רק לאחר שהוכחה בטיחותה, יעילותה ואיכותה. רישום תרופות נועד להגן על בריאות הציבור ולהוות חסם רגולטורי מפני שיווק תרופות לא איכותיות ומסוכנות, לאפשר את שיווקן של תרופות יעילות ובטוחות ולעתים אף ליזום ולזרז רישום תרופות ייחודיות וחיוניות.